Fakultas Ilmu Kesehatan (FIKES) Universitas ‘Aisyiyah Yogyakarta (UNISA) secara resmi berdiri bersamaan dengan ditetapkannya peralihan dari Sekolah Tinggi Ilmu Kesehatan Aisyiyah Yogyakarta menjadi Universitas Aisyiyah Yogyakarta berdasarkan Keputusan Menteri Riset, Teknologi dan Pendidikan Tinggi Republik Indonesia Nomor: 109/KPT/I/2016 tanggal 10 Maret 2016 (bertepatan dengan hari Kamis tanggal 1 Djumadil Akhir 1437 H). FIKES UNISA didirikan untuk memayungi 9 Program Studi, yaitu:
Program Studi D3 Kebidanan
Program Studi D4 Kebidanan
Program Studi D4 Analis Kesehatan
Program Studi D3 TRR
Program Studi S1 Ilmu Keperawatan
Program Studi S1 Fisioterapi
Program Studi Profesi Ners
Program Studi Profesi Fisioterapi
Program Studi Magister Kebidanan
Alhamdulillah, Surat Keputusan Menteri Riset, Teknologi dan Pendidikan Tinggi Nomor: 316/KPT/I/2017, tanggal 13 Juni 2017 tentang diberikan langsung oleh Koordinator Kopertis Wilayah V Yogyakarta, Dr. Ir. Bambang Supriyadi, CES DEA. yakni izin operational Program Studi S1 Gizi sebagai salah satu prodi terbaru di Fakultas Ilmu Kesehatan.
Selanjutnya dibuka Program Studi lainnya yaitu:
Program Studi Profesi Bidan (SK Menristekdikti RI No. 285/KPT/I/2018) dan
Program Studi Keperawatan Anestesiologi (SK Menristekdikti No. 390/KPT/I/2018)
